新農(nóng)合保險住院報銷比例與所在治療機構(gòu)的等級有關(guān)。

一般鎮(zhèn)衛(wèi)生院可報銷60%；二級醫(yī)院可報銷40%；三級醫(yī)院可報銷30%。住院報銷范圍包括藥費；輔助檢查費用，比如心腦電圖、拍片、化驗、理療、針灸、CT、核磁共振等各項檢查費，限額200元；手術(shù)費等費用。60周歲以上老人在鎮(zhèn)衛(wèi)生院住院，治療費和護理費每天補償10元，限額200元。

新型農(nóng)村合作醫(yī)療基金支付設(shè)立起付標準和最高支付限額，醫(yī)院年起付標準以下的住院費用由個人自付，不同地區(qū)的起付標準和支付限額都是不一樣的。

有的地區(qū)新農(nóng)合保險還包括大病報銷，對于一些重大疾病會有基金補償，比如惡性腫瘤、尿毒癥等特殊病種。